多肽是大分子，每條多肽序列在物理和化學(xué)特性上都有自己的獨(dú)特性。有些多肽合成起來(lái)很困難，還有些合成相對(duì)容易，但純化困難，其主要是不溶于水，所以在純化中，那些疏水肽必須溶于非水溶劑中或特殊的緩沖液，然而這些溶劑或緩沖液可能不適合應(yīng)用于生物實(shí)驗(yàn)系統(tǒng)，研究人員不能使用該多肽達(dá)到研究目的。
博奧森公司的合成人員經(jīng)多年的摸索和積累，對(duì)研究人員的多肽設(shè)計(jì)提供一些建議：
一、變難為易
1、減少序列長(zhǎng)度
肽的長(zhǎng)度增加導(dǎo)致粗產(chǎn)物純度降低，小于15個(gè)殘基的肽較容易得到.當(dāng)肽鏈增加到20個(gè)以上時(shí)，正常產(chǎn)物的量就要考慮。在具體實(shí)踐中殘基低于20往往能得到更好的結(jié)果；
2、減少疏水殘基
疏水殘基占明顯優(yōu)勢(shì)的肽，尤其在距C端7―12個(gè)殘基的區(qū)域，會(huì)引起合成困難，一般認(rèn)為由于合成中形成β折疊片，而產(chǎn)生不完全配對(duì)。當(dāng)然，可用幾個(gè)極性殘基置換，或加入Gly或Pro易打開(kāi)肽結(jié)構(gòu)可能會(huì)得到幫助；
3、減少“難度”殘基
有多個(gè)Cys、Met、Arg、Try殘基一般難以合成，Ser通?？勺鳛榉茄趸鎿Q。
二、改善可溶性
1、改變N端或C端
酸性肽（pH值為7時(shí)帶負(fù)電荷）我們提議；N端乙酰化C端保持自由羧基，以增加負(fù)電荷。堿性肽（pH值為7時(shí)帶正電荷）C端氨基化N段自由氨基，以增加正電荷；
2、縮短或加長(zhǎng)序列
某些序列含有大量疏水氨基酸，如Trp、Phe、Val、Ile、Leu、Met、Tyr、Ala等當(dāng)這些疏水殘基大于50%通常難溶解。為增加肽的極性，加長(zhǎng)序列可能會(huì)有幫助。另外一種選擇是通過(guò)減少疏水殘基的方法降低肽鏈的長(zhǎng)度以增加極性。肽鏈極性越高，就越有可能溶于水；
3、加入可溶性殘基
對(duì)于一些極性氨基酸能改善可溶性。酸性肽可在N端或C端加上Glu-Glu.堿性肽可在N端或 C端加上Lys-Lys.若不能加入帶電荷集團(tuán)。可以將Ser-Gly-Zer加到N端或C端。但是，當(dāng)肽鏈的兩端不能改變時(shí)，此方法不行；
4、通過(guò)置換一個(gè)或多個(gè)殘基改變序列
肽鏈的可溶性可通過(guò)改變序列某些殘基來(lái)改善，一般對(duì)單個(gè)殘基的替換就能顯著改變其疏水性。而這種改變是較為保守的，如用Gly替換Ala；
5、選用不同“框架”來(lái)改變序列
如果能用某個(gè)序列制備許多長(zhǎng)度一定的相互串聯(lián)或重疊的多肽，可以通過(guò)改變各個(gè)多肽起始點(diǎn)的方法來(lái)實(shí)現(xiàn)改變序列的目的。其原理是：在同一多肽的親水和疏水殘基間創(chuàng)造新的更好的平衡，或?qū)⑼欢嚯牡摹袄щy”殘基（比如將兩個(gè)Cys）放進(jìn)兩個(gè)不同得多肽而不是集于同一個(gè)分子內(nèi)。
